Strange Beasts

Artırılmış gerçeklik üzerine disütopik bir kısa film. Kendi evcil hayvanınızı yaratmakta ne kadar ileri gidebilirsiniz?

CRISPR Nedir? (Video)

İnsanlık daha fazla tercih ettiği veya sevdiği bitki ve hayvan türlerini seçip onları üreterek binlerce yıldır doğaya müdahale ediyor aslında. Nasıl yapılacağını bilsek de bunun neden işlediğini anlamadan yapıyorduk bunu yakın zamana kadar. Artık genetik kodun ne olduğunu ve nasıl çalıştığını biliyoruz, şimdi sıra ona daha doğrudan müdahalede. CRISPR bunun için elimizdeki en güçlü, en hızlı ve en ucuz silah. 1980'li yıllarda bir bakteri savunma sistemi olarak keşfedilmesinin üzerinden henüz çok zaman geçmedi, ama pek çok kişiye göre insanlığın geleceğini bu enzim belirleyecek. 
Bilimsel bir 'hype' mi yoksa gerçekten hastalıkların, yaşlılığın sonu mu CRISPR göreceğiz, şimdilik bu soruların cevabı yok. Ama nedir ne değildir bilmekte fayda var, aşağıdaki video da eğlenceli animasyonlarla anlatmış bunu. 

2017'de CRISPR/Cas9

CRISPR/Cas9 bugüne kadar geliştirilmiş en basit, en ucuz ve en hızlı genom düzenleme aracı. Yıllardır adı etrafında fırtınalar koparılmasının sebebi de insanoğlunun eline ilk kez genlerle oynamak için bu denli güçlü bir araç geçirmiş olması, pek çok hastalığın tedavisi için bir umut olması. Ancak görünen o ki daha yolun başındayız, öğrenilmesi gereken de çok şey var. Yine de gün geçmiyor ki CRISPR/Cas9'ın kullanıldığı yeni bir araştırma duymayalım.
İşte 2017'den CRISPR/Cas9 ile ilgili akılda kalanlar:

1. Bilim adamları CRISPR'ı kullanarak ilk kez canlı bir organizmadan HIV'yi tamamen uzaklaştırmayı başardılar. 2016 yılının başlarında fare ve sıçanlardan CRISPR/Cas9 aracılığı ile HIV-1 virüsünün nasıl çıkarılabileceğini göstermiş olan Philadelphia'daki Temple Üniversitesi ve Pittsburgh Üniversitesi'nden araştırmacılar bu sefer üç farklı hayvan modelinde CRISPR/Cas9'ı kullanarak HIV-1 DNA'sını hem akut hem kronik hastalık sürecinde fare T hücre genomundan tamamen elimine etttiler. Böylece tekniğin hastalığın farklı formlarında, akut EcoHIV infeksiyonu (faredeki insan HIV-1 karşılığı) veya latent HIV-1 enfeksiyonu, etkili olduğunu kanıtladılar. 



2. California'daki Scripps Araştırma Enstitüsü'nden araştırmacılar ilk yarı sentetik organizmayı ürettiler. Normalde dünya üzerindeki insan dahil bütün canlıların DNA'sı dört baz (A, T, C ve G) içerirken bu modifiye edilmiş E. Coli X ve Y olarak adlandırılmış iki yeni bazı da kapsayan - toplam 6 bazdan müteşekkil - tamamen yeni bir DNA'ya sahip. Araştırmacılara göre bu artırılmış genetik bilgi olanağı daha önce doğada varolmayan özellliklerle donatılmış canlıların varlığı için bir platform oluşturuyor. Ancak şu andaki amaç değişik hastalıkların tedavisinde kullanılabilecek yeni proteinlerin seri üretimini sağlamak. CRISPR-Cas9 burada bakteri tarafından X ve Y moleküllerinin yabancı olarak tanınmasını engellemek için kullanılmış. Tabii çalışma kafada hem etik hem de işlevsel anlamda çokça soru işareti yaratıyor.

3. İki genin birleşimiyle oluşan hibrid füzyon genleri pek çok kanser tipinde görlüyor, örneğin lösemilerde sıklıkla görülen BCR-ABL gibi. Pittsburgh Üniversitesi'nden araştırmacılar bazı agresif prostat, akciğer, karaciğer ve yumurtalık kanserlerinde gözlenen MAN2A1-FER adlı füzyon proteini hedef almışlar. Özel geliştirilmiş bir virüs aracılığı ile vücuda verilen CRISPR ile düzenlenmiş genler farelerde tümör büyüklüğünü %30 azaltmış ve çalışmanın sonuna kadar denekler hayatta kalmış. Sonuçlar henüz mükemmel olmasa da gelecek için umut veriyor, özellikle de tedavinin sadece kanser hücrelerini hedef aldığı düşünüldüğünde.

4. Kanser hücrelerinde yüksek düzeyde bulunduğu bilinen Tudor-SN adlı protein hücre siklusunda görevli. Bu protein işini hücrede gen ekspresyonunun ince ayarını sağlayan microRNA düzeylerini etkileyerek yapıyor. Rochester Üniversitesi'nden bilim adamları CRISPR-Cas9 kullanarak Tudor-SN'i insan hücrelerinden uzaklaştırdıklarında microRNA seviyelerinin arttığını, bunun da bölünme sürecini etkileyen genlerin faaliyetini azalttığını görmüşler. Tabii bir tedavi seçeneği olması için gidilecek çok yol var.

Devam edecek...

Kitap Önerisi: Geleceği Keşfedenler

Walter Isaacson hayli üretken bir biyografi yazarı. Bizde de basılmış Steve Jobs biyografisi ile adını duyurmuş en çok, ama Leonardo Da Vinci'den Benjamin Franklin'e, Albert Einstein'dan Henry Kissinger'a bilim ve politika dünyasının pek çok kilit karakterinin hayatını kelimelere dökmüş bugüne kadar 1952 doğumlu gazeteci ve yazar.
Geleceği Keşfedenler, ya da orijinal ismiyle "The Innovators: How a Group of Inventors, Hackers, Geniuses, and Geeks Created the Digital Revolution" da ise farklı bir motivasyonla yola çıkmış. Tek bir kişiye odaklanmaktansa dijital devrimin en önemli karakterlerine ve bu sürecin en önemli olaylarına kısa kısa değindiği, toplamda oldukça hacimli ve kapsamlı bir belgesel kitap ortaya çıkarmış. İlk bölümde Ada Lovelace ve Charles Babbage'e bir saygı duruşunda bulunduktan sonra 1930'lara atlıyor kitap ve buradan günümüze kadar Alan Turing, Vannevar Bush, John von Neumann, Grace Hopper, Robert Noyce, John Mauchly, Bill Gates, Steve Wozniak, Steve Jobs, Larry Page, Tim Berners-Lee, Jimmy Wales gibi isimlerin ayak izlerini takip ediyor. Kitabın bölüm başlıkları transistör, mikroçip, yazılım, internet gibi bilgisayar teknolojisinin hem hardware hem software anlamında ana komponentleri olarak belirlenmiş, her bölüm içinde de onun gelişimiyle ilintili kişiler ve olaylar anlatılmış.
Isaacson bilgisayar teknolojisinin bugüne gelişini tek tek dehaların çabalarına değil kiminin adı bugün hiç bilinmeyen binlerce insanın ortak çabalarının süreğen birikimine bağlıyor. Bunu yaparken dönemin olaylarını ve Zeitgeist'ını da mutlaka anlatısının parçası, hatta başat karakteri yapıyor. Bu açıdan özellikle 40'larda bilgisayar donanımının ve 60'larda yazılım ile ağ sistemlerinin gelişiminin arka planı ile ilgili anlatılanlar neden ben kurdum demekle bir Silikon Vadisi kurulamayacağını anlamak için ufuk açıcı. 
Son dönemde giderek artan ve özellikle Tesla ve Jobs isimlerinin çevresinde geliştiğini gördüğüm deha fetişinin dışında kalması ve zamanın ruhunu anlatısına eklemesi Geleceği Keşfedenler'i zevkle okuduğum bir biyografi/popüler bilim kitabı yapmış.

Yazarın Türkçe'deki kitapları:
Geleceği Keşfedenler - Domingo Yayınevi
Steve Jobs - Domingo Yayınevi
Benjamin Franklin - İş Bankası Kültür Yayınları
Bir Dahinin Güncesi Einstein - İş Bankası Kültür Yayınları
Einstein Yaşamı ve Evreni - DeliDolu Yayın

Uzay Sektörü

Bu yıl uzaya ilk ilk insan yapımı nesnenin gönderilişinin 60. yılı. 1957'de SSCB tarafından fırlatılan 58 cm'lik Sputnik 1 adlı uydu yeni bir çağı ve ABD ile SSCB arasında yıllarca sürecek uzay yarışını başlatmıştı. İlk ticari amaçlı uydu 1965'te fırlatılmış olsa da yakın zamana kadar uzay yolculuğunun kontrolü [bazı] devletlerin elinde kalmaya devam etti. Ancak işler özellikle son on yılda hızla değişti, bugün 'uzay sektörü' işinde ağırlık şirketlerin, öyle ki 2016'da sektördeki 329 milyar doların yalnızca dörtte biri devletlerden geldi.
Değişimin en önemli öncüsü artık herhalde dünya üzerinde artık ismini bilmeyen hiçkimsenin kalmadığı Elon Musk. Musk'ın SpaceX'inin tekrar kullanılabilen Falcon 9 roketleri Uluslararası Uzay İstasyonu'nun ihtiyaçlarını sağlamakta kullanılıyor şu anda. Amazon'un CEO'su ve kurucusu Jeff Bezos'un Blue Origin'i de New Shepard ve New Glenn roketlerini geliştiriyor. Richard Branson da Virgin Group ile katılıyor yarışa, onların hedefi de havadan uydu fırlatmak. Ama bu üç milyarder uzay ayrışında yalnız değil, daha mütevazi bütçeleri olsa da yeni fikirlerle sahneye çıkan ciddi rakipleri var. Örneğin, Yeni Zelanda kökenli Rocket Lab henüz test aşamasındaki roketlerinin 3D yazıcı ile üretilmiş motorları ve karbon fiber yapısı ile hem maliyet hem zaman avantajları olduğunu iddia ediyor. Vector de 2018'de testlere başlayacağını açıklamış bir başka girişim.
Roketler, ya da ulaşım uzay sektörünün tek boyutu değil, bir de uydular var. Geçen yıl fırlatılan uydu sayısı 220, yaklaşık 1500 tanesi yörüngede. Günümüz teknolojisi uyduların hem yapım maliyeti ve boyutlarının hızla düşmesini hem de kapasitelerinin giderek artmasını sağladı. Otobüs boyutundaki uyduların yerini aynı işi yapabilen ayakkabı kutusu büyüklüğündekiler alıyor hızla. Örneğin, San Fransisco kökenli Planet Labs yalnızca [Dove adını verdikleri] 4 kg ağırlığında uydular geliştiriyor. Bu yıl içinde 100'de fazla Dove yerleştirmişler yörüngeye. Şirket şu anda dünyanın her yerini fotoğraflayabildiğini iddia ediyor. 


Geldik uzay sektörünün üçüncü sacayağına; data. Sonuçta uzaydan bugüne kadar hiç olmamış miktarlarda veri akıyor ve yeni oyuncular bu veriyi işliyor, değerlendiriyor, ve tabii satıyor. Bu noktada da karşımıza İngiltere merkezli Terrabotics gibi şirketler çıkıyor.   
Bank of America Merrill Lynch'e göre önümüzdeki 30 yılda uzay sektörü 2.7 trilyon dolarlık bir hacme ulaşacak. Uzay yarışı yepyeni bir boyut alıyor ve dev bir pazar oluşuyor, ve bu yarışta şimdiden bir yer kapanlar bu pastadan en büyük payı alacak olanlar olacak.

Kaynaklar: 
The space industry will be worth nearly $3 trillion in 30 years, Bank of America predicts
The New Space Race

Sanal Klinik Çalışma Olur Mu?

Los Angeles merkezli Science 37 adlı bir şirket tamamen akıllı telefonlar üzerinden yürütülmüş ilk klinik çalışmayı tamamladıklarını duyurdu. Şirket kurucusu ve CEO'su Dr. Noah Craft'a göre bu ilk sanal girişimsel, randomize, plasebo kontrollü çalışma. 
AOBiome Therapeutics'in yeni akne tedavisinin faz 2b çalışması için toplam 372 hastanın dahil edilmiş çalışmaya. Katılımcılara bir iPhone ve hastanın kendisinin günde iki kez uygulayacağı sprey şeklindeki ilaç verilmiş. İşlemler, Science 37'nin gerçek zamanlı video görüşme, veri toplama ve elektronik onay alma gibi hizmetler sunabilen mobil Network Oriented Research Assistant (NORA) platformu üzerinden yürütülmüş. Katılımcılar hatırlatıcılarla belirli aralıklara ilaç uygulaması ve anketleri doldurma konusunda uyarılmış, düzenli olarak NORA üzerinden bir araştırma koordinatörü ile görüşmüş. 
Bu şekilde yapılan bir klinik çalışmanın tıp camiasında ne kadar kabul göreceğini tahmin etmek güç. Güvenlik ve inandırıcılık ile ilgili şüpheler olacağı açık. Ama Google GV, Sanofi ve AmGen'in de aralarında bulunduğu çeşitli şirketlerden toplamda 69 milyon dolar fon topladığına göre yatırımcılar Science 37'nin iş modeli ve geleceği ile ilgili ikna olmuş görünüyor, 

Yapay Zeka ve Sağlığımız

İngilizce literatürde Precision Medicine diye bir kavram var, Türkçe'ye 'Hassas Tıp' diye çevriliyor. Bana, aralarında tanım bazında kısmi farklılıklar olsa da kişiselleştirilmiş tıp ifadesi daha uygun ve (tanım kalabalığı yapmamak açısından) yeterliymiş gibi geliyor, çünkü ABD'nin sağlık bakanlığı diyebileceğimiz The National Institutes of Health'in yaptığı tanım şöyle: Hastalıkların tedavisi ve önlenmesinde genler, çevre, yaşam stili gibi bireysel değişkenleri de göz önüne alan yeni bir yaklaşım. Tedavi stratejilerinin istatiksel ortalama insana göre geliştirildiği ve aynı hastalıktan muzdarip herkese aynı şekilde uygulandığı tedavi yaklaşımlarından farklı olarak, kişiselleştirilmiş (veya hassas) tıpta hekimler ve araştırmacılar hangi tedavinin hangi hasta grubuna daha uygun olduğunu daha kesin olarak belirleyebiliyorlar.
Kişiselleştirilmiş tıp yeni bir kavram olmasa da günümüz teknolojisi böyle bir stratejinin uygulanabilmesinin kapılarını ilk kez açıyor insanlığa, ve buradaki anahtar kelime de data. Giyilebilir teknolojiler, sağlık sensörleri, ucuz genom analizleri ile büyük veri (big data) çözümleri ve yapay zeka hekimlere hasta birey hakkında büyük miktarda veri toplama ve bu verinin hızlı analizi imkanını veriyor.
Büyük veri analizi demek yapay zeka demek tabii. Aslında sağlık alanında yapay zekanın, en azından ANI'nin, kullanımı da çok yeni değil. IBM'in - bir zamanların Jeopardy! şampiyonu - yapay,  zekası Watson özellikle onkoloji alanında yıllardır klnisyenlere destek oluyor, Google'ın DeepMind'ı da onu takip ediyor. Zephyr Health büyük veri analizini kullanarak şirketlere danışmanlık yapıyor. Atomwise ise yapay zekayı yeni ilaçlar geliştirmek için kullanıyor. Radyolojide Enlitic, Arterys, 3Scan, genetikte Deep Genomics ise adı öne çıkan bazı diğer girişimler.
Yapay zeka sağlık sektöründe giderek ağırlığını hissettirecek gibi ilerleyen yıllarda. Robotik cerrahiyi, üzerimizde taşıdığımız onlarca sensörü de bu paradigmanın içinde değerlendirirsek sağlığımız artık teknoloji şirketlerinin eline düşecek gibi. Teknolojinin insanın yerini gerçekten almasının mümkün olup olmadığı bir yana bu durumun yaratacağı güvenlik sorunları, etik ve hukuki problemler apayrı bir tartışmanın konusu. Tabii Elon Musk ve Stephen Hawking'in bizi sürekli uyardığı apokaliptik senaryoda olduğu gibi yapay zeka hepimizi yok etmezse...

Güzel Günler Gelecek (mi?)

Dünyanın genel gidişatını nasıl buluyorsunuz diye sorsam eminim büyük çoğunluk kötü diye cevaplayacaktır beni, ki ben de bu konuda bir istisna değilim. Çevremizi savaşlar sarmışken, nükleer savaş tehlikesi tekrar ayyuka çıkmışken, Nazizm tekrar hortlamışken ve hergün gördüğümüz, yaşadığımız onlarca farklı olay geleceğe yönelik endişelerimizi daha da artırırken farklı düşünmek de mümkün değilmiş gibi geliyor. Ama belki Ray Kurzweil haklıdır, karamsarlık hayatta kalmamızı sağlayan evrimsel bir içgüdüdür sadece.  
Bugün dünyaya olumlu tarafından bakalım o zaman ve en azından işler burada iyiye gitmiş diyebileceğmiz neler olmuş son yıllarda bir bakalım:

1. Yoksulluk azalıyor: Günde 1.9$'dan azıyla yaşamak zorunda kalanlar olarak tanımlanan aşırı yoksulların sayısı giderek azalıyor. 150 yıl boyunca sürekli bir artışla 1970'lerin sonunda zirve noktası olan 2 milyara ulaşan aşırı yoksul insan sayısı, sonrasında hızla azalmaya başlamış. Bugün ise 705 milyon insan aşırı yoksulluk sınırı altında.

2. Çocuk felci dünya üzerinden silinmek üzere: Jonas Salk'ın ilk polio aşısını geliştirmesinden 64 yıl sonra, 2016'da bildirilen vaka sayısı 40. Çoğu ülkede yıllardır yeni vaka yok.

3. Doğum kontrol yöntemlerinin kullanımı artıyor: Yüksek doğurganlık ve çocuk ölümleri döngüsünü kırmak, kadınların kendilerine ve ailelerine daha fazla zaman ayırabilmelerini sağlamak için son derece önemli doğum kontrol yöntemleri. 2016'da en fakir 69 ülkedeki 300 milyon kadın en az bir kontraseptif yöntem kullanmış. Bu sayı 2012'de sadece 30 milyonmuş.

4. HIV ilişkili ölümler hızla düşüyor: 2015 rakamlarıyla dünya üzerinde virüs ile enfekte 36.7 milyon kişi var ve bunların 1.8 milyonu 15 yaş altında. Bugün bir HIV+ yeni ilaçlar ve ilaçlara ulaşımın kolaylaşması sayesinde neredeyse normal ömrünü yaşayabiliyor. Ölüm hızı 2000'lerin başındaki 1000 kişide 0.30'dan 0.14'e düştü.

5. Beş yaş altı çocuk ölümleri de belirgin şekilde azaldı: 1990'larda 12.1 milyon olan beş yaş altı ölümlerin sayısı 2015'te 5.8 milyona düştü. Bunda çocukları sıtmadan korumak için sivrisinekleri uzak tutacak yatak ağları kullanımı ve temiz su kaynaklarına ulaşmayı sağlayacak kuyular açılması gibi basit önlemler özellikle etkili oldu.

6. Sanitasyon: Son 25 yılda uygun olmayan sanitasyon şartlarında yaşayanların oranı % 57'den % 33'e düştü.
7. Milyarlarca insan taze ürünlere ulaşabilme şansına kavuştu: Yıllık meyve tüketimi 1961'de 83 pound (~38.5 kg) düzeyinde iken 2013'te % 100 artışla 172 pound (~78 kg) 'a yükseldi.
8. Yiyecek kıtlıkları yokolmak üzere: Dünyanın her yerinde insanlar yiyeceğe artık daha kolay ulaşıyor. 1961'de bir insan ortalama günlük 2100 kalori alırken 2013'te bu 2900'e ulaşmıştı.
9. Çocuk işçi kullanımı azalıyor: Hem gelişmiş hem gelişmekte olan ülkelerde yapılan yasal düzenlemelerle çalışan çocuk sayısı düşüyor.


Kaynak 

CPU Nasıl Çalışır?

CPU'nun temel çalışma mantığını çok özet şekilde anlatan yaklaşık 20 dakikalık güzel bir video. In One Lesson Youtube kanalından.

Cassini'nin Ardından

Satürn ve uydularını yörüngesine girdiği 1 Temmuz 2004'ten bu yana araştıran Cassini NASA, ESA ve İtalyan Uzay Ajansı (ASI) 'nın ortak bir projesi olarak 15 Ekim 1997'de fırlatılmıştı. Görevin tam adı aslında, ünlü astronomlar Giovanni Cassini ve Christian Huygens'in anısına, Cassini-Huygens Mission idi. Başlangıçta dört yıl olarak planlanan görev süresi iki kez uzatılarak ancak 15 Eylül'de Satürn atmosferine yönlendirilip yok edilmesi ile 2017 yılında sona erdi.
Cassini-Huygens görevi beklentilerin çok ötesine geçen bir başarı hikayesi oldu. 2004 Aralık'ında, Satürn sistemine girmesinden kısa süre sonra ayrılan Huygens Modülü Satürn'ün uydusu Titan'a başarılı bir iniş yaparak 90 dakika veri gönderdi; böylelikle Güneş Sistemi'nin dış gezegenlerine iniş gerçekleştiren ilk, Ay'dan sonra bir uyduya inen ikinci insan yapımı araç oldu. Cassini ise Satürn ve uyduları çevresindeki görevine devam etti. Yeni uydular keşfetti, Enceladus'ta sıvı halde su bulunduğunu gösterdi, Titan'ın dev metan gölünü inceledi. Bütün bu süre zarfında dünyaya bambaşka dünyaların görüntülerini sürekli yolladı.
19 yıllık uzay yolculuğunun son saniyelerine kadar data yollamaya devam eden Cassini'nin Satürn atmosferinde yanarak yokoluşu insanoğlunun bilgiye ulaşma çabaları için müthiş bir alegori olsa gerek.

Aşağıda Cassini tarafından gönderilmiş en görkemli imajlardan birini görüyorsunuz. Ok dünyamızı gösteriyor.

Bu infografik ise görevle ilgili bazı ilginç sayılar veriyor.

Gerçekten Dünyayı Kurtaran Adam

Bundan tam 34 yıl önce, 26 Eylül 1983 günü, Moskova'nın güneyinde gizli bir yerdeki bir yeraltı sığınağında, Oko (Göz) adıyla bilinen Sovyet erken uyarı sistemi alarm vermeye başladı. Sistemin görevi bir Amerikan nükleer saldırısını tespit etmekti ve uydular toplamda beş füzenin ateşlendiğini söylüyordu. O gecenin nöbetçisi Stanislav Petrov idi.
Petrov tarihi bir karar verdi, üslerine bir saldırı değil bir bilgisayar hatası olduğunu rapor etti. Ve anlamsız bir misilleme ile 3. Dünya Savaşı'na yol açabilecek süreci başlamadan bitirdi. Bu kararı verirken elinde insanoğlunun sağduyusuna olan güveni haricinde hiç birşey yoktu. Yapılan incelemeler uyduların bulutlardan yansıyan güneş ışığını yanlış algıladığını gösterecekti aylar sonra.
İlginç olan dünya bu olaydan ancak 1998 yılında haberdar oldu. Öyle ki bu tarihten önce hayatını kaybetmiş olan eşi Petrov'un dünyayı nasıl kurtardığını hiç öğrenemedi. Petrov ise hakettiği övgüleri ancak 2000'lerden sonra alabildi. Hatta hakkında 'The Man Who Saved The World' adlı, Kevin Costner, Matt Damon, Robert DeNiro gibi isimlerin de yer aldığı belgesel bir film çekildi.
Muhtemelen pekçoğumuzun hayatını borçlu olduğu Stanislav Petrov geçen Mayıs ayında, 77 yaşında hayatını kaybetti.